Der erste Sakralbau in Zátoň bestand wahrscheinlich aus einer kleinen rechteckigen Kapelle mit Apsis, die im 13. Jahrhundert durch eine etwas größere Kirche mit einem flachgedeckten Schiff und wahrscheinlich einem rechteckigen Presbyterium ersetzt wurde. Im 14. Jahrhundert wurde an der Nordwand des Chors eine gewölbte Sakristei angebaut. Um 1485 wurde ein neuer Altarraum gebaut. Um 1500 wurde mit dem Bau eines größeren und höheren Kirchenschiffs begonnen. Der Rohbau des Kirchenschiffs wurde um 1510 fertiggestellt, was durch die gemalte Jahreszahl auf dem östlichen Rosenberg-Wappen bestätigt wird. Zwischen 1500 und 1510 wurde im westlichen Teil des Kirchenschiffs eine Vorhalle errichtet. Die Dächer der Kirche sind mittelalterlich und stammen aus der Zeit des Baus der Kirche an der Wende vom 15. zum 16. Zwischen 1510 und 1517 wurde der Innenraum, nach dem Vorbild der Getzinger Gewölbe, von einem Tonnengewölbe mit einem Netz aus Rippen umschlossen.
