Die Kirche St. Apollinaris wurde um die Mitte des 13. Jahrhunderts erbaut. Der Chor und die südlich angrenzende Kapelle wurden in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts aufgrund des schlechten Bauzustandes neu errichtet. Im Jahr 1391 verhandelte der damalige Erzdiakon von Horsovotyn mit Papst Bonifatius IX. Ablässe für alle Gläubigen, die zu seinem Wiederaufbau beitragen. 1431 wurde Horšovský Týn von den Hussiten belagert und der gesamte rechtsufrige Teil der Stadt, einschließlich der St. Apollinaire. Der Turm der Kirche erhielt seine heutige Form im 16. Jahrhundert, und kurz vor 1768 wurden am Kirchenschiff bedeutende barocke Veränderungen vorgenommen, die von außen an der Nordfassade und innen am Gewölbe des Kirchenschiffs mit einem Pfannkuchengewölbe sichtbar sind.
