Im Jahr 1373 begann ein Pfarrer namens Zdat mit dem Bau der zweiten Kirche in Velhartice. Im 16. Jahrhundert wurde die Kirche im spätgotischen Stil umgebaut, das Netzgewölbe im Kirchenschiff stammt aus dieser Zeit. Im 16. Jahrhundert wurde auch die nordöstliche Apsis angebaut, in der sich das Chorgewölbe befindet. Das Gebäude wurde im 19. Jahrhundert umgebaut. Heute befindet es sich in einem baufälligen Zustand. In den sechshundert Jahren ihres Bestehens wurde die Kirche mehrmals renoviert, zuletzt 1947, 1968-1969 und 1997. Im Jahr 1997 wurde ein Projekt für den vollständigen Wiederaufbau der Kirche ausgearbeitet, aber wie sich nach und nach herausstellte, wurde die Reparatur unprofessionell und mit minderwertigen Materialien durchgeführt. Um die Kirche für künftige Generationen zu erhalten, wurde im Januar 2009 ein Verein gegründet, der sich zum Ziel gesetzt hat, das Gebäude zu sanieren und seinen schleichenden Verfall zu verhindern.
