Die Kirche St. Peter und Paul, die vom 14. bis zum 17. Jahrhundert erwähnt wird, stand einst in der Nähe der Kirche St. Nikolaus. Es handelte sich um ein altes Gebäude, das nach der alten Widmung wahrscheinlich der Vorgänger der heutigen Kirche war. Die St.-Nikolaus-Kirche in Kdyně wird bereits im 14. Jahrhundert als Pfarrkirche erwähnt. Das Gebäude stammt aus dem 14. Jahrhundert, das Presbyterium ist im ursprünglichen Zustand, das Kirchenschiff und der Turm wurden im 18. Jahrhundert barockisiert. In diesem Jahrhundert wurden auch eine Sakristei und zwei Seitenkapellen mit Oratorien angebaut. Die Kirche wurde 1763 vergrößert und restauriert, danach wurde das Innere neu dekoriert und 1771 neu eingeweiht. Im Jahr 1806 wurde die örtliche Pfarrei zu einem Dekanat erhoben.